近日，科技部、财政部、国家税务总局联合发布了“关于修订印发《高新技术企业认定管理工作指引》的通知”。该新版《工作指引》与2008年颁布实施的《高新技术企业认定管理工作指引》相比有了较大调整。据悉，新的指引于2016年1月1日起实施。原《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火〔2008〕362号）、《关于高新技术企业更名和复审等有关事项的通知》（国科火字〔2011〕123号）同时废止。
通知中指出，2016年1月1日前已按《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2008〕172号，以下称2008版《认定办法》）认定的仍在有效期内的高新技术企业，其资格依然有效，可依照《企业所得税法》及其实施条例等有关规定享受企业所得税优惠政策。
按2008版《认定办法》认定的高新技术企业，在2015年12月31日前发生2008版《认定办法》第十五条规定情况，且有关部门在2015年12月31日前已经做出处罚决定的，仍按2008版《认定办法》相关规定进行处理，认定机构5年内不再受理企业认定申请的处罚执行至2015年12月31日止。
通过对比，新版《工作指引》与2008年颁布实施的《高新技术企业认定管理工作指引》相比有了较大调整，主要在以下几个方面：
在认定材料方面，新《工作指引》将散见于认定条件中所有需提交的证明材料在开篇“认定资料”中进行梳理，相较于2008版《工作指引》更为明确。
同时，新《工作指引》对高新技术企业认定条件在实践中有争议的内容进一步明确，在评判标准上实行定性和定量的双重标准，评分标准更加细化，认定条件更加规范。对于企业而言，新《工作指引》在一定程度上体现了《高新技术企业认定管理办法》对中小企业的政策扶持。
在知识产权评价上，新《工作指引》采用分类评价方式，更加体现了对不同知识产权的认可、保护程度不同，也更加体现了公平公正。对于按II类评价的知识产权，在申请高新技术企业时，仅限使用一次。由于I类知识产权创造性要求更高、认定程序更为严格，转化后的价值更高，因此对I类和II类分别评价更加体现公平性，更有利于鼓励企业的自主创新。
同时，对于知识产权有多个权属人时，限定只能由一个权属人在申请时使用。这样不仅可以防止知识产权的滥用，而且有利于提高企业自主创新的积极性和公平竞争。此外，在知识产权的有效性上不再局限于以取得证书为准，增加了企业取得授权书并能提供缴费收据为准的方式，解决了实际工作中I类知识产权申请时间长的难题。
新《工作指引》也明确了主要产品（服务）是指占同期高新技术产品（服务）收入中超过50%的产品（服务），且应与知识产权关联；申报过程中的“总收入”是指收入总额减去不征税收入；企业职工总数、科技人员数均按照全年月平均数计算等多项认定内容。
此外，新《工作指引》在研究开发组织管理水平方面，增加了考核的内容，更加重视企业长期的人才培养的制度化设计，符合大众创业、万众创新的精神。这对于企业自身来说，提出了更高的创新要求。同时，明确规定编制研发费用辅助账作为考量内容，规范了企业对研发费用的管理。
